การจัดการของเสียที่เป็นอันตรายโดยไม่ระมัดระวัง หรือไม่ถูกต้องเหมาะสม จะก่อให้เกิดปัญหาพื้นฐาน ที่มีผลกระทบต่อสุขภาพของมนุษย์และสิ่งแวดล้อมได้ ๔ ประการคือ
๑. ทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการเกิดโรคมะเร็ง
การสัมผัสหรือเกี่ยวข้องกับของเสียที่เป็นอันตราย ซึ่งประกอบด้วย สารพิษที่เป็นสารก่อมะเร็ง อาจทำให้เกิดโรคมะเร็งได้ โดยเฉพาะเมื่อได้รับสารเหล่านั้น เป็นเวลาติดต่อกันนานๆ อาทิ การหายใจเอาอากาศที่มีสารพวกไดออกซิน เบนซิน ฟอร์มาลดีไฮด์เข้าไป หรือกินอาหารหรือน้ำที่ปนเปื้อนด้วยสารเคมีพวกยาฆ่าแมลง
๒. ทำให้เกิดความเสี่ยงต่อการเกิดโรคอื่น
การที่ได้รับสารเคมี หรือสารโลหะหนักบางชนิด เข้าไปในร่างกาย อาจทำให้เจ็บป่วยเป็นโรคต่างๆ จนอาจถึงตายได้ เช่น โรคทางสมองหรือทางประสาท หรือโรคที่ทำให้เกิดความผิดปกติของร่างกาย ตัวอย่างของโรคที่เกิดจากการจัดการของเสียที่เป็นอันตรายอย่างไม่ถูกต้อง เช่น โรคมินามาตะ ซึ่งเกิดจากสารปรอท โรคอิไต-อิไต ซึ่งเกิดจากสารแคดเมียม และโรคแพ้พิษสารตะกั่ว เป็นต้น
๓. ทำให้เกิดผลกระทบต่อระบบนิเวศ
สารโลหะหนัก หรือสารเคมีต่างๆ ที่เจือปนอยู่ในของเสียที่เป็นอันตราย นอกจากจะเป็นอันตรายยต่อมนุษย์แล้ว ยังเป็นอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ทั้งพืชและสัตว์ ทำให้เจ็บป่วยและตายได้เช่นกัน หรือถ้าได้รับสารเหล่านั้นในปริมาณไม่มากพอ ที่จะทำให้เกิดอาการอย่างเฉียบพลัน ก็อาจมีผลกระทบต่อโครงสร้างของโครโมโซม ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทางพันธุกรรม นอกจากนี้การสะสมของสารพิษไว้ในพืช หรือสัตว์แล้วถ่ายทอดไปตามห่วงโซ่อาหาร ในที่สุดอาจเป็นอันตรายต่อมนุษย์ซึ่งนำพืช และสัตว์ดังกล่าวมาบริโภค
๔. ทำให้เกิดผลเสียหายต่อทรัพย์สินและสังคม
เช่น เกิดไฟไหม้ เกิดการกัดกร่อนเสียหายของวัสดุ เกิดความเสื่อมโทรมของสิ่งแวดล้อม ซึ่งจะส่งผลทางอ้อมทำให้เกิดปัญหาทางสังคมด้วย